Den antika filosofin, med sitt ifrågasättande av gamla sanningar, kom under medeltiden på kollision med kristendomens läror. Där filosofin betonade rationellt och fritt tänkande framhöll kristendomen underkastelse och det mänskliga förnuftets otillräcklighet. På grund av kyrkans stora makt och inflytande under perioden kom de flesta filosofer också att vara tydligt kopplade till kyrkan. Därför kom filosofin att under medeltiden huvudsakligen behandla frågor av religiös karaktär – exempelvis teodicéproblemet (hur kan Gud vara god och allsmäktig när det finns ondska och lidande i världen).

Ett exempel finner vi i biskop Augustinus (354-430), född i nuvarande Algeriet – på den tiden del av romarriket. Inspirerad av det som kallas nyplatonism, en tolkning av Platons idélära, kom han att sammanföra filosofi och religion genom att betrakta de platonska idéerna som tankar i Guds medvetande. Precis som Platon lägger större värde på idévärlden än sinnevärlden kommer Augustinus påverka den medeltida kristendomen till att upphöja själen och nedvärdera det kroppsliga och materiella. Då kvinnan under medeltiden (och kanske än idag) kom att förknippas mer med kroppslighet än mannen, kom denna nedvärdering av det kroppsliga indirekt att bli en nedvärdering av kvinnan.

En annan medeltida filosof, och tillika en av kristendomens stora teologer, var Thomas av Aquino (1225-1274). Ur ett filosofiskt perspektiv är han mest känd för att ha anpassat Aristoteles teorier till den kristna tron. Aristoteles skrifter hade under 1000 år varit bortglömda i Europa, men i Mellanöstern hade hans skrifter förvaltats av arabiska filosofer. Dessa böcker hade under 1200-talet börjat finna sin väg tillbaka till Europa i form av krigsbyten från korståg, och Thomas av Aquino kom att integrera den kristna världsbilden med det aristoteliska systemet. Kristendomen skulle underbyggas med förnuft och logik, och den bokstavliga bibeltolkningen fick lov att problematiseras.

Därmed kom Aristoteles att bidra till återuppväckandet av de klassiska idéerna och inleda den historiska period som kallas renässansen. Denna nya epok, som varade från tidigt 1400-tal till omkring år 1600, brukar beskrivas som en pånyttfödelse av de antika idealen. Kyrkans makt minskade och vetenskap, litteratur och konst frodades. Ekonomiska, sociala och politiska förändringar sker i samhället som följd av uppfinningar som krutet, kompassen och boktryckarkonsten. En tydligare skiljelinje mellan teologi (läran om Gud) och filosofi återupprättas.

Den engelske filosofen Francis Bacon (1561-1626) anses vara en av föregångarna till den moderna filosofin då han bryter med medeltidens ideal och kräver att filosofin ska grundas på erfarenheter och vetenskapliga slutsatser, så kallad induktion. Därmed kom han också att bli en föregångare för den kunskapsteoretiska skola som kallas empirism. Enligt denna grundar sig all kunskap ytterst på sinneserfarenhet – alltså de upplever vi får genom våra sinnen.

Nu fanns pusselbitarna på plats för en ny generation filosofer. Där renässansens tänkare huvudsakligen inspirerats av historien ville 1600-talets intellektuella finna nya vägar framåt. Det är nu med upplysningstiden som den moderna filosofin föds.